Izdelki

Pred kratkim smo poročali, da je piren nukleotid prednostno vstavljen nasproti abazičnega mesta, 3'-T dimera timina in večine nepoškodovanih baz s polimerazo eta (pol eta) kvasovke DNA.Ker je piren nepolarna molekula brez sposobnosti vezave H, se nenavadno visoka učinkovitost vstavljanja dPMP pripisuje njegovi vrhunski sposobnosti zlaganja baz in poudarja pomen zlaganja baz pri izbiri nukleotidov s pol eta.Da bi raziskali vlogo H-vezi in geometrije baznih parov pri izbiri nukleotidov s pol eta, smo določili učinkovitost vstavitve bazno modificiranih nukleotidov 2,6-diaminopurina, 2-aminopurina, 6-kloropurina in inozina, ki bi naredite različno število H-vezi z osnovo šablone, odvisno od geometrije baznega para.Zdi se, da igra Watson-Crickovo združevanje baz pomembno vlogo pri izbiri nukleotidnih analogov za vstavljanje nasproti C in T, kar dokazuje zmanjšanje relativne učinkovitosti vstavljanja z zmanjšanjem števila Watson-Crickovih H-vezi in povečanjem število interakcij donor-donor in akceptor-akceptor.Selektivnost vstavljanja nukleotidov je večja nasproti 5'-T kot 3'-T timinskega dimera, v skladu s prejšnjim delom, ki kaže, da je 5'-T bolj tog kot 3'-T.Poleg tega se zdi, da je vstavljanje A nasproti obeh T dimerja posredovano s parjenjem baz Watson-Crick in ne s parjenjem baz Hoogsteen na podlagi skoraj enake učinkovitosti vstavljanja A in 7-deaza-A, od katerih slednji nima H- sposobnost lepljenja pri N7.Relativne učinkovitosti za vstavljanje nukleotidov, ki lahko tvorijo Watson-Crickove bazne pare, so vzporedne s tistimi za Klenowov fragment, medtem ko Klenowov fragment močneje diskriminira neujemanja, v skladu s svojo večjo selektivnostjo oblike.Ti rezultati poudarjajo pomen H-vezi in geometrije Watson-Crickovega baznega para pri izbiri nukleotidov s pol eto in fragmentom Klen ow ter manjšo vlogo izbire oblike pri vstavljanju s pol eto zaradi njene bolj odprte in manj omejeno aktivno mesto.