Izdelki

Infrardeča spektroskopija je bila uporabljena za preslikavo interakcij substrat-protein: konformacijske spremembe sarkoplazemskega retikuluma Ca(2+)-ATPaze po vezavi nukleotidov in fosforilacijo ATPaze so spremljali z uporabo substrata ATP in analogov ATP (2'-deoksi-ATP, 3 '-deoksi-ATP in inozin 5'-trifosfat), ki so bili modificirani pri specifičnih funkcionalnih skupinah substrata.Modifikacije 2'-OH, 3'-OH in amino skupine adenina zmanjšajo obseg z vezavo inducirane konformacijske spremembe ATPaze, pri čemer so posebej močni učinki opaženi pri zadnjih dveh.To dokazuje strukturno občutljivost kompleksa nukleotid-ATPaza na posamezne interakcije med nukleotidom in ATPazo.Vse proučevane skupine so pomembne za vezavo in interakcije dane ligandne skupine z ATPazo so odvisne od interakcij drugih ligandnih skupin.Fosforilacijo ATPaze so opazili pri ITP in 2'-deoksi-ATP, ne pa tudi pri 3'-deoksi-ATP.Ni neposredne povezave med obsegom konformacijske spremembe ob vezavi nukleotidov in hitrostjo fosforilacije, ki kaže, da celoten obseg konformacijske spremembe, ki jo povzroča ATP, ni obvezen za fosforilacijo.Kot smo opazili pri kompleksu nukleotid-ATPaza, je konformacija prvega fosforiliranega intermediata ATPaze E1PCa(2) odvisna tudi od nukleotida, kar kaže, da imajo stanja ATPaze manj enotno konformacijo, kot je bilo prej pričakovano.